پروتئین و پروتئین سازی
نمایشی سه بعدی از ساختار میوگلوبین، که در آن ماریپیچ های آلفا به صورت رنگی نشان شده اند. این پروتئین نخستین پروتئینی بود که ساختار آن توسط بلورنگاری پرتو ایکس تعیین شد.
¨پروتئین ها مواد آلی بزرگ و یکی از انواع درشت ملکول های زیستی هستند که از زیرواحدهایی به نام اسیدآمینه ساخته شده اند. پروتئین ها مانند زنجیری از یک کلاف سه بعدی بسپارهایی هستند که از ترکیب اسیدهای آمینه حاصل می شوند. اسیدهای آمینه مثل یک زنجیر خطی توسط پیوند پپتیدی میان گروه های کربوکسیل و آمین مجاور به یکدیگر متصل می شوند تا یک پلی پپتید را به وجود بیاورند.
ترتیب اسیدهای آمینه در یک پروتئین توسط ژن مشخص می شود. اگر چه کد ژنتیک 20 تا اسید آمینه استاندارد را معرفی می کند، در بعضی از اندامگان ها (ارگانیسم ها) کد ژنتیک شامل سلنوسیستئین و در بعضی از آرکی باکتری ها پیرولزین می باشد. گاهی در پروتئین ها دگرگونی به وجود می آید: یا قبل از آنکه پروتئین بتواند به وظایفش در یاخته عمل کند و یا به عنوان قسمتی از مکانیسم بازرسی. پروتئین ها معمولا به یکدیگر می پیوندند تا یک وظیفه ای را با یکدیگر انجام دهند که این خود باعث استوار شدن پروتئین می شود. چون ترتیب های نامحدودی در توانی و طول زنجیره اسید آمینه ها در تولید پروتئین ها وجود دارد، از این رو انواع بی شماری از پروتئین ها نیز می توانند وجود داشته باشند.
پروتئین های درون یافخته ای در بخشی از یاخته به نام ریبوزوم توسط آران ای (RNA) ساخته می شوند.
ساختار پروتئین
ساختار پروتئین، و یا ساختمان پروتئین به ساختاری گفته می شود که پروتئین به خود می گیرد. پروتئین دارای چهار ساختار می باشد.
ساختار اول: به توالی پروتئین که به صورت رشته ای از اسیدهای آمینه می باشد گفته می شود. پروتئین ها پلی مرهایی خطی از اسیدهای آمینه هستند که با پیون پپتیدی بهم متصل شده اند.
ساختار دوم: به نظم های موضعی گفته می شود که پروتئین در حین تاشدگی به خود می گیرد. ساختار دم پروتئین ها خود به چند دسته تقسیم می شود.
مارپیچ آلفا ساده ترین و انعطاف پذیرترین ترتیب، کونفرماسیونی مارپیچ و راست گرد بود به نام مارپیچ آلفا. مارپیچ آلفا یکی از ساختارهای دوم رایج در پروتئین هاست. مارپیچ آلفا یک مارپیچ راست گرد است که ساختار هر 5/4 آنگستروم یکبار تکرار می شود. در هر دو مارپیچ الفا قرار می گیرد. هر گروه کربوکسیل و آمین در مارپیچ آلفا با اسید آمینهای با فاصله چهار تا از خود، دارای باند هیدروژنی می باشد و این الگو در سراسر مارپیچ، غیر از چهار اسیدآمینه در دو انتهای آن تکرار شده است.
خالص سازی پروتئین ها
خالص سازی پروتئین شامل یک سری مراحل می باشد که برای مجزا کردن یک نوع پروتئین از پروتئین های مختلط استفاده می شود. خالص سازی امری حیاتی برای توصیف وظیفه، ساختار و فعل و انفعالات پروتئین مورد نظر می باشد. این کار معمولاً با یک بافت زیستی و یا کشت میکروبی آغاز می شود. مولکول ها از یاخته جدا شده و سپس پروتئین ها از دیگر مولکول های یاخته ای جدا
می شوند. در انتها پروتئین مورد نظر از دیگر پروتئین ها جدا می شود.