اسماعیل میرزا، ملقب به ابوالمظفر بهادر خان حسینى، فرزند سلطان حیدر و نواده دخترى اوزون حسن آق قویونلو بود.
اسماعیل در 892 ق / 1487 م در اردبیل دیده به جهان گشود. وى پس از کشته شدن پدرش، سلطان حیدر «893 ق / 1448 م» در جنگ با یعقوب بیگ آق قویونلو و متحدش فرخ یسار شروانشاه، به همراه برادرانش در حصار استخر زندانى شد «عالم آراى عباسى، ص 32؛ جهانگشاى خاقان، صص 44 - 46». رستم بیگ آق قویونلو در 898 ق / 1493 م فرزندان حیدر را از زندان آزاد ساخت «حبیب السیر، ج 4، صص 439 - 440» و آنان را به تبریز فرا خواند. در پى کشته شدن سلطان على، برادر بزرگتر اسماعیل در نبرد با رستم بیگ، یاران و مریدان، اسماعیل میرزا را که در آن هنگام کودکى شش ساله بود، با اجازه مادر از اردبیل به گیلان «لاهیجان» بردند. در گیلان، کارکیا میرزا على، فرمانرواى محلى لاهیجان و دیلمان، که شیعه و سید و دوستدار خاندان صفوى بود در نگه داشت شیخ اغلى خردسال اهتمام کرد.
اسماعیل پنج سال در آنجا ماند و با مراقبتهاى شمس الدین لاهیجى که از فضلاى آن دیار بود؛ فارسى، عربى، قرآن و مبانى و اصول شیعه امامیه را فرا گرفت «احسن التواریخ، ص 9؛ جهانگشاى خاقان، صص 64 - 67». افزون بر این، در این مدت، زیر نظر هفت تن از اعیان صوفى لاهیجان فنون رزم آموخت «جهانشگاى خاقان، ص 57».