نظام آموزش عالی سلامت کشور دارای ۱۰ مقطع تحصیلی کاردانی، کارشناسی پیوسته، کارشناسی ناپیوسته، کارشناسی ارشد ناپیوستهMBA ، MPH، دکتری عمومی، دکتری تخصصی، دکتری تخصصی پژوهشی، دکتری تخصصی پزشکی بالینی، دکتری فوق تخصصی پزشکی بالینی، دکتری تخصصی دندانپزشکی و داروسازی و برنامه های تکمیلی تخصصی پزشکی بالینی است.
همچنین رشته های تحصیلی نیز در دو بخش تحصیلات پایه (Undergraduate) و تکمیلی(Postgraduate) طبقه بندی شده که مشتمل بر ۴۳ رشته در مقاطع پایه و ۳۰۵ رشته در مقاطع تحصیلات تکمیلی است. در چند سال اخیر در راستای اهداف و سیاست های اسناد بالادستی کشور در وزارت بهداشت، رشد و توسعه در زمینه رشته های تحصیلی صورت گرفته است.
در سه دهه پس از انقلاب اسلامی تعداد دانشگاه ها و دانشکده های علوم پزشکی رشد بیش از ۴ برابری، تعداد رشته های تحصیلات تکمیلی رشد حدود ۳ برابری، تعداد دانشجویان علوم پزشکی رشد تقریبی ۵ برابری و تعداد اعضای هیئت علمی به عنوان مهمترین زیرساخت توسعه آموزش عالی گروه های پزشکی و پیراپزشکی رشد حدود ۷ برابری داشته است.
راه اندازی مرکز ملی تحقیقات راهبردی آموزش پزشکی، راه اندازی سامانه واژه شناسی تحول آموزش، راه اندازی تخصص پزشک خانواده، راه اندازی مرکز ملی آموزش های مهارتی و حرفه ای و تصویب دوره های متعدد آموزش مهارتی و اعتباربخشی و تصویب مراکز مختلفی در مناطق آمایشی توسط این مرکز ، راه اندازی پردیس‌های خودگردان بخشی از این دستاوردها بوده است.
همچنین راه اندازی دانشگاه علوم پزشکی مجازی، توسعه دانشکده های مجازی دانشگاه های علوم پزشکی کشور و مجازی سازی برنامه های آموزشی مقاطع تحصیلات تکمیلی، راه اندازی سامانه Education IRAN به منظور معرفی ظرفیت های جمهوری اسلامی ایران در حوزه آموزش علوم پزشکی و تحصیل ۳ هزار دانشجوی خارجی در ایران از جمله اهم اقدامات معاونت آموزشی وزارت بهداشت در راستای توسعه نظام آموزش عالی سلامت کشور در دهه های پس از پیروزی انقلاب اسلامی بوده است.
معاونت آموزشی وزارت بهداشت همچنین با توسعه و ساماندهی قطب های علمی حوزه علوم پزشکی کشور، توسعه ۱۸۰ انجمن علمی گروه پزشکی در کشور، توسعه رشته مقاطع نوین تحصیلی با تاکید بر علوم بین رشته ای، توسعه آموزش مداوم جامعه پزشکی و اعتباربخشی مراکز آموزش مداوم با تدوین مجموعه برنامه های مدون آموزش مداوم جامعه پزشکی، توسعه آموزش طب سنتی، توسعه موسسات آموزشی و پژوهشی، توسعه مراکز آموزش مهارت های بالینی و توسعه کلینیک های ویژه آموزشی در بیمارستان ها و توسعه بیمارستان های آموزشی جامع زنان گامی دیگر در مسیر ارتقای شاخص های نظام آموزش سلامت کشور برداشته است.
انتشار مجله طب و تزکیه با نگاه ویژه به تحول و نوآوری در آموزش علوم پزشکی نیز از جمله اقدامات این معاونت بوده است.
همچنین معاونت آموزشی وزارت بهداشت با برگزاری المپیادهای دانشجویی به صورت سالیانه با محوریت مباحث نوین علوم پزشکی، برگزاری جشنواره مطهری به صورت سالیانه با محوریت تحول و نوآوری در آموزش علوم پزشکی، برگزاری آزمون های معتبر بین المللی در کشور و استقرار، راه اندازی و استفاده از کارپوشه الکترونیک (LogBook) رشته های تخصصی بالینی در دانشگاه های علوم پزشکی کشور نیز از دیگر اقدامات مهم این معاونت در مسیر اعتلای دانش علوم پزشکی بوده است.
تدوین نقشه راه حرکت دانشگاه های علوم پزشکی به سمت دانشگاه های نسل سوم و طراحی پایلوت استقرار دانشگاه های نسل سوم در ۲ منطقه آمایشی کشور، تدوین شاخص ها و چهارچوب های دانشگاه هزاره سوم، تدوین سند برآورد نیروی انسانی مورد نیاز نظام سلامت در افق ۱۴۰۴، تدوین الگوی نوین بهره مندی از خدمات متخصصان بالینی، استقرار سند آمایش سرزمینی آموزش عالی سلامت و تشکیل ۱۰ منطقه آمایشی از مهمترین دستاوردهای معاونت آموزشی وزارت بهداشت در دهه های پس از پیروزی انقلاب اسلامی و در راه ارتقای شاخص های نظام عالی سلامت بوده است.
