مسجد جامع اصفهان خرقهاي است هزارگون به ارث رسيده از گذشتگان كه در طول 12 قرن هر وارثي نقشي بر اندام آن انداخته، از معماري ساده قرن دوم ه.ق تا آجركاريهاي سلجوقي و نقوش كاشيكاري صفوي به قول دكتر «حسين يقيني» پژوهشگر تاريخ و معماري آلبومي از هنر معماري ايراني. انعقاد نطفه اصفهان بزرگ را بايد همزمان با بنياد مسجد جامع اصفهان در محل فعلي آن در سال 156 ه.ق دانست. بناي اوليه مسجد را طايفه بني تميم روي تپه يهوديه بنا كردند و بعدها ثروتمندان زمينهاي اطراف منتهياليه شمال غربي مسجد را به آن اضافه كرده و كم كم بناي فعلي مسجد جامع امروزين را شكل دادند. گرچه اعتقادي ميان مردم اصفهان رواج دارد كه معتقدند مسجد جامع اصفهان در محلي بنا شده كه پيش از اسلام آتشكده بوده است اما اين نظريه همچنان در هالهاي از ابهام باقي مانده در حالي كه علت اين ادعا را وجود يك «پي» دوره ساساني در زمين محل گنبد خواجه نظام الملك ميدانند اما دكتر «يقيني» با قاطعيت ميگويد كه بر اساس شواهد تاريخي اين جا زمين بكري بوده كه از ابتدا براي ساخت مسجد اختصاص داده شده است.