با اينكه در جريان اين نهضتها بر نقش روحانيت تأكيد گسترده دارد، در مواردي به نقاط ضعف آنان و نيز شكستهاييكه نصيب آنان شده اشاره فرموده است:
«البته گاهي مثل همان قضيه ميرزاي شيرازي كه همه ايران با هم تبعيت كردهاند پيروز بودهاند و گاهي هم شكست ميخوردند.»
تكيه بر اين موارد براي عبرت آموزي روحانيت مطرح گرديده به طوري كه با علتيابي اين شكستها اين بار در جريان انقلاب اسلاميبيشتر مراقب رفتار ساير چهرههاي فكري شريك در انقلاب باشند. در جريان مشروطه، جداي از نقشي كه سياست خارجي و يا عناصر وابسته به دربار در جريانات داشتند دو قشر روحاني و منورالفكركار اصلي را بر دوش داشتند. نقش روحانيت در پيدايش جنبش و نيز آرمان دفاع از مردم استوار بود اما منورالفكران در باروري فكريمشروطه از زاويه ترويج فكر غرب تلاش ميكردند و طبعاً در اين مسير نميتوانستند هماهنگي با فكر ديني و نماينده آن روحانيتداشته باشند.
در جنبش مشروطيت همين علما در رأس بودند اصل مشروطيت اساسش از نجف به دست علما و در ايران به دست علما شروع شد و پيش رفت اين قدر كه آنها ميخواستند كه مشروطه تحقق پيدا كند و قانون اساسي در كار باشد شد، ليكن بعد از آنكه شد، دنبالهاش گرفته نشد. مردم بيطرف بودند روحانيون هم رفتند هر كس سراغ كار خودش. ضعفي كه برخي از چهرههاي روحاني از خود بروز دادند اين بود كه فريب برخي از رفتارهاي روشنفكران را خورده و همراه با آنان وبراي پيروزي فكر آنها تا جايي پيش رفتند كه عاقبت خود را شكست خورده يافتند. امام در اين باره ميفرمايد:
«از اول كه مشروطه را اينها درست كردند اين شياطين كه متوجه مسايل بودند روحانيون و مؤمنيني كه تبع آنها بودند بازي دادند اينهارا، خدعه كردند، متمم قانون اساسي را قبول كردند و اينها، ليكن وقت عمل، عمل نكردند به متمم قانون اساسي يعني پنج نفرمجتهد در مجلس نياوردند.»